Le Préfet Maritime est l’autorité opérationnelle de l’AEM. Il est le représentant de l’Etat en Mer. Dans les prérogatives qui lui sont dévolues, le Préfet maritime a pour mission de :

  • Veiller à l’exécution des décisions gouvernementales et à l’application des lois, des règlements. Investi du pouvoir de police générale, il a autorité dans tous les domaines où s’exerce l’action de l’Etat en mer, notamment en ce qui concerne la défense des droits souverains et des intérêts de la Nation, le maintien de l’ordre public, la sauvegarde des personnes et des biens, la protection de l’environnement et la coordination de la lutte contre les activités illicites ; 
  • Assurer la cohérence de l’action administrative en mer et la prévention des conflits d’usage en sa qualité d’autorité civile ; 
  • Assurer le commandement de la zone (région) maritime de sa compétence, en sa qualité d’autorité militaire. Il est Officier Général ou Supérieur de Marine (officiers de commandement de la Marine nationale) ; 
  • Animer et coordonner l’action en mer des administrations et les moyens mutualisés sans faire obstacle à l’exercice par les autorités administratives, civiles, militaires et judiciaires des compétences qui leur reconnues par d’autres textes législatifs ou réglementaires ; 
  • Prendre toutes les initiatives et mesures nécessaires dans le cadre de ses missions permanentes d’intérêt général. Il bénéficie du concours des services et administrations de l’Etat qui mettent à sa disposition les moyens et informations d’intérêt maritime dont il dispose. Il peut également réquisitionner tout moyen en cas de besoin. Il peut donner les directives aux chefs de ces services qui lui rendent compte de leur exécution.